W grze "Shinobi", gracze wcielają się w role tajnych agentów najpotężniejszych klanów feudalnej Japonii. Wszystkie klany walczą o dominację w kraju, chcąc zjednoczyć Japonię pod swoim sztandarem. Nawet najliczniejsze i najlepiej uzbrojone armie mogą stać się bezużyteczne, jeśli otrzymają fałszywe rozkazy, wpadną w zasadzkę czy stracą swojego przywódcę. Każdy z graczy ma wpływ na wszystkie pięć klanów, lecz do końca gry pozostaje zagadką, który uczestnik służy danemu klanowi. Aby doprowadzić swój klan do zwycięstwa, trzeba nie tylko planować z wyprzedzeniem, ale także wykazać się sprytem.   "Jeśli znasz siebie i swego wroga, przetrwasz pomyślnie sto bitew. Jeśli nie poznasz swego wroga, lecz poznasz siebie, jedną bitwę wygrasz, a drugą przegrasz. Jeśli nie znasz ni siebie, ni wroga, każda potyczka będzie dla Ciebie zagrożeniem.""Sztuka wojny"